Хмз... "отворени протоколи". Нямаш си на идея какво точно значи това, нали? Е, не е свързано със сигурността. Колкото до Скайп - тряба да се знаят следните неща:
1. Протокола е ЗАТВОРЕН - сиреч, нужно е позволение, за да се използват. Но в същото време, Скайп имат собствено API за достъп до мрежата си. API-то е свободно, и всеки разработчик може да си направи Скайп клиент. За подробности -
link. Ти разбира се знаеш много програмни и сървърни езици, и предполагам, че няма да имаш проблеми с това. Така... до тук разбираме, че имаме всичко по протокола наготово.
2. Скайп сървърите са МНОГО. Това значи, че технически не може, а и няма смисъл да следиш всичко. Това, което ти трябва, е просто източника на целта, за която ще се следи.
3. Когато трябва да се следи някой, той се следи през неговия ISP - така или иначе, целия трафик минава през него. С едно прокурорско решение, доставчика ще даде всичко нужно на полицаите. Без да се хаква каквото и да било на международно ниво

4. Масово следене има само в Китай - така наречена "Великата защитна стена".
Между другото защо извади друг ник?